多次在日本转移
二战期间，该庙作为医院被日军占用。二战结束后，仰赞会解散，山畸彪、平野善吉等先后死亡，庙无人管，肉身佛最后转由平野善吉长子平野善一郎保管。
1961年，“日本肉身研究小组”花了5万日元买下肉身，转移至早稻田大学，后又转至新泻大学。在日本辗转多年后, 这尊肉身佛于1975年从新潟大学医学部转送日本横滨总持寺，作为祖师在寺里供奉。也正是此时，香港《快报》刊发了相关报道，引发关注。
面对这尊肉身佛真实身份的争议，黄戴德援引滕颖教授的观点说，日本专家在肉身佛手臂处发现了唐宋年间的苎（zhù）麻，推测山崎彪带走的肉身佛，很可能是与“无际大师”石头希迁相同年代的和尚真身。
漳州芗城区佛教会副会长庄宗沛认为，佛教界僧侣法号同名的很多，有可能两个人刚好重名。庄宗沛的说法与吴立民的观点不谋而合。吴立民称，在南岳无际大师的墓中，也找不到任何被迁运的痕迹，另外，石头希迁肉身在抗战期间被日本人盗走一说，“纯属传闻，查无实据”。
黄戴德还指出，无际大师石头希迁其实根本没有留下肉身，他引用宋代陈田夫所著的《南岳总胜集》加以佐证，陈田夫在文中的楚宁寺篇写到“在庙西十五里，乃南台迁禅师瘗（音：[yì]，埋葬）骨处”，“这句话的意思是，无际大师石头希迁遗骨埋在楚宁寺西十五里，这说明他根本没有留下肉身”。
不过，湖南佛教协会副会长、曾任南台寺代理方丈的怀梵法师在接受媒体采访时认为，当年的调查不够全面，“应该更科学地讨论这个问题”，日本的这尊肉身佛应是无际大师。海都记者电话联系怀梵法师，希望他能够更加详细阐述观点，不过他婉拒了。
政协委员提案追索
2003年前后，漳州各界意识到这尊千年肉身佛对于漳州的意义，于是设法从日本方面请回，不过追索10余年未果。
当年参与追索的黄戴德、庄宗沛等，分析背后失败的原因，不过谁也不能给出确切的答案。专家分析认为，通过国际公约追索的可能性很小。
1995年，日本总持寺时任负责人斋藤信义表示愿归还“肉身和尚”的意向。同年，日中友好协会事务局局长酒井诚专程来华与中国佛协洽谈送还“肉身和尚”事宜，日中友好协会会长平山郁夫也专门给当时还健在的原全国政协副主席赵朴初来信，表示归还“肉身和尚”的条件已经成熟。日本方面要求拿出能够确定“肉身和尚”归属的确凿证据，并委托中国社会科学院哲学研究所日裔专家藤颖教授负责“肉身和尚”的祖地、身份鉴定工作。中国佛教文化研究所所长吴立民还两次专程到漳州调查。
两年后，漳州工业学校退休老教师黄戴德偶然看到吴立民的文章，通过走访取证初步确认日本欲归还的“肉身和尚”来自漳州龙文区玄坛宫村，之后专家对活佛宫遗址进行考古挖掘，但无挖掘到重要的物件。
“当时一度引起漳州政协等相关部门的重视，曾经酝酿成立专门机构”，2003年时任漳州市政协委员的庄宗沛和南山寺住持普法大和尚联合提议，迎请“肉身和尚”回国事宜。不过，10多年过去了，请回一事至今无实质性进展。
庄宗沛称，当时在各方学者充分研究的基础上，确定日本横滨总持寺供奉的“肉身和尚”即来自漳州的玄坛宫村后，他以政协委员的名义提交了请回“肉身和尚”的提案。
“请回的目的是，这是国宝，对提升漳州知名度具有重要价值，而且也是众多信众的愿望”，庄宗沛称，当时漳州市政协、龙文区有关部门，还有漳州南山寺等都积极参与进来，并召开大会，大家设法从日本请回这尊“肉身和尚”。
黄戴德当时也参加那次大会，“当时大会大家讨论得很激烈，不过最后方案并没有往上送”，在黄戴德看来，这涉及外交上的事情，民间的社团组织想不出什么更好的办法。
而在庄宗沛分析看来，最终未能追索成功，其中还有许多原因：一是，佛教界有一种声音认为不必拘泥肉身佛供奉在哪里；二是，日本横滨总持寺负责人是三年一次换届，“这届负责人谈好好的，准备要送回来的时候，又换届了”，由此追索肉身佛开展起来很复杂。
2015年4月26日上午，龙文区玄坛宫村的信众们，来到正一灵宫，几个少年跟在长者身后，他们在“肉身和尚”雕像面前，焚香祈祷，好动的少年大声颠倒顺序念着雕像玻璃罩上的对联，“沧海桑田不忘山兜是故地/华夏东瀛遍漉慈悲泽众生”，长者吆喝不要吵闹，庙里顿时只剩下喃喃的祈祷声。
